三疣梭子蟹的体色随周围环境而变异。生活于砂底的个体，头胸甲呈浅灰绿色，前鳃区具一圆形白斑，螯足大部分为紫红色带白色斑点，一部分或整个腹面为白色，前3对步足长节和腕节也呈白色,掌部为蓝白色，软毛棕色，指节紫蓝色或紫红色,第4对步足为绿色带白斑点，指端紫蓝色。生活在海草间的个体体色较深。为杂食性，鱼、虾、贝、藻均食。

头胸甲呈梭形，稍隆起。表面有3个显著的疣状隆起，1个在胃区，2个在心区。其体型似椭圆，两端尖尖如织布梭，故有三疣梭子蟹之名。两前侧缘各具9个锯齿，第9锯齿特别长大，向左右伸延。额缘具4枚小齿。额部两侧有1对能转动的带柄复眼。有胸足5对。螫足发达，长节呈棱柱形，内缘具钝齿。第4对步足指节扁平宽薄如桨，适于游泳。腹部扁平（俗称蟹脐），雄蟹腹部呈三角形，雌蟹呈圆形。雄蟹背面茶绿色，雌蟹紫色，腹面均为灰白色。